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1905年，于右任、邵力子等原震旦公學學生脫離震旦，擁戴馬相伯在吳淞創辦復旦公學。校名擷取自《尚書大傳•虞夏傳》“卿云爛兮，糾縵縵兮；日月光華，旦復旦兮”兩句中的“復旦”二字，本義是追求光明，寓含自主辦學、復興中華之意。馬相伯、嚴復等先后擔任校長。1913年李登輝開始擔任校長，一直到1936年。在他長達23年的校長任內，復旦發展成為一所以培養商科、經濟、新聞、教育、土木等應用型人才聞名的、有特色的私立大學，形成了從中學到研究院的完整的辦學體系。
1937年抗日戰爭爆發后，復旦部分師生在吳南軒校長帶領下，輾轉內遷重慶北碚（渝校）。1941年增設了農學院。經國民政府行政院批準，1942年元旦復旦由私立改為國立，全稱為國立復旦大學，吳南軒、章益先后出任校長。1946年夏，渝校遷回上海江灣原址，與滬校合并，學校的規模進一步擴大。
1949年6月，上海市軍管會接管復旦。軍管會任命張志讓、陳望道擔任校務委員會正副主任委員。1952年2月，中共復旦大學委員會成立，李正文任書記。1952年8月至9月，華東地區進行院系大調整，復旦大學成為人文社會和自然科學的全國重鎮，奠定了后50年學科發展的基本格局和師資基礎。
1954年，楊西光出任復旦大學黨委書記。1956年復旦第一次黨代會召開。五六十年代，楊西光、王零領導的學校黨委支持校長陳望道狠抓教學質量，充分發揮老專家、老教授的作用，有計劃、有重點地系統培養中青年骨干教師。期間，復旦的辦學質量和辦學條件都有矚目的長足發展，形成了有特色的學科高原。1949—1966年，復旦培養的學生中有70余人日后當選為中國科學院或中國工程院院士，這個人數在全國高校中名列第三。
1958年“大躍進”，復旦大學理科新建了計算數學、力學、原子核物理、放射化學、無線電電子學、生物物理、生物化學等新專業。此前，文科重建了法律系、哲學系。這些新專業的創建，標志著復旦開始探索有自己特色的社會主義綜合大學之路。1959年，復旦大學被列為全國16所重點大學之一。1966年到1976年，復旦大學成為“文革”的重災區，教學科研受到重創。
1977年，復旦大學恢復招收本科生，次年恢復招收研究生。1978年，蘇步青出任校長、黨委委員，夏征農出任黨委第一書記，進行了一系列撥亂反正工作，同時倡導民主辦校，推動思想解放運動。1983至2011年，謝希德、華中一、楊福家、王生洪、楊玉良先后出任校長，盛華、林克、錢冬生、程天權、秦紹德、朱之文先后出任黨委書記。
1984年，復旦大學成立研究生院。同年，再次被國務院批準為國家重點建設的10所高校之一。1993年2月，復旦大學提出了“追求優質，爭創一流，明確復旦作為高校國家隊的坐標位置”的發展大計，并逐步確立“建設世界一流大學”的總體奮斗目標。
1994年，復旦大學通過由國家教育部組織的“211工程”部門預審，提出了在21世紀初期，將復旦大學建設成為高層次人才培養、高水平科學研究、高科技成果轉讓和高規格決策咨詢的中心和基地，成為學術思想活躍、學科特色鮮明、綜合實力雄厚、精神面貌健康奮發、與上海國際化大都市地位相稱的、具有世界一流水平的社會主義綜合大學的總體奮斗目標，為此后十年制定了發展藍圖。1995年5月22日，中共中央總書記江澤民為復旦大學題詞：“面向新世紀，把復旦大學建設成為具有世界一流水平的社會主義綜合性大學。”
1999年國家教育部、上海市政府簽定共建復旦大學的協議，復旦成為“985工程”的首批建設高校。2000年4月27日，復旦大學與上海醫科大學強強聯合，成立新的復旦大學。
2005年復旦大學百年華誕。中共中央總書記、國家主席、中央軍委主席胡錦濤發來賀信，希望復旦大學發揚優良傳統，不斷開拓創新，努力建設成為具有世界一流水平的社會主義綜合性大學，為建設中國特色社會主義偉大事業培養更多德才兼備的高素質人才，為全面建設小康社會、實現中華民族的偉大復興作出新的更大的貢獻。
